Jason Bourne, dopo i fatti del secondo episodio, è in Russia, in fuga dalle autorità. Lasciata Mosca, l'agente scopre che un programma analogo a quello dove è stato addestrato è stato attivato in America e sarà finalmente l'occasione per affrontare il proprio passato. Il tragitto per la verità è come al solito molto contorto: Parigi, Londra, Torino, Madrid, New York, Tangeri.