Essendo solo uno studente normale senza un talento speciale, Makoto Naegi vince una lotteria per partecipare alla prestigiosa Hope's Peak Academy, dove partecipano solo i migliori prodigi. Tuttavia, invece di essere l'inizio di una meravigliosa vita da liceo, è un biglietto per la disperazione, perché l'unico modo per diplomarsi alla Hope's Peak Academy è uccidere uno dei tuoi compagni studenti o essere una delle loro vittime.
