Mentre tentano di catturare il temibile Virus Fantasma, Scooby-Doo e i suoi amici si ritrovano all'interno di un videogame basato su una delle loro stesse avventure. Attraversando i dieci livelli del gioco, i nostri eroi scorazzano dalla Preistoria al futuro, sempre alle prese con un'orda di malvagi "virtuali"......